Можно заархивировать каталог (tar), сжать его (gzip) и зашифровать при помощи gpg.

Все вместе это может выглядеть так:

 tar -cz ./my_dir | gpg -c > arch.tgz.gpg

При этом gpg попросит дважды ввести пароль. По умолчанию, шифрование выполняется алгоритмом CAST5, для задания другого алгоритма используется ключ --cipher-algo.

Распаковать (и расшифровать) этот архив можно так:

gpg --decrypt arch.tgz.gpg | tar -xzf -

При больших объемах данных, лучшую степень сжатия даст использование bzip2, это выглядит так:

#Архивирование

tar -cj ./my_dir | gpg -c > arch.tbz2.gpg

#Распаковка

gpg --decrypt my2.tbz2.gpg | tar -xjf -

Заметьте, что для начала необходимо создать личные ключи для gpg. Если вы пользуетесь KDE, то для управления gpg можно пользоваться графическим фронтэндом - kgpg.

Напомним, что если уж Вы взялись за шифрование, данные нужно удалять только с помощью специальных программ "гарантированного" удаления данных, особенно если они находились на разделах vfat.